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Con el uso continuo de los biofertilizantes se economiza energía, aumenta la eficiencia de los micronutrientes en las plantas, son de bajo costo y se obtienen frutos, hojas, granos, cereales de mejor calidad, es decir, con mejor sabor, aroma, tamaño, color respecto a los que se producen con fertilizantes químicos.
Las ventajas que obtienen las plantas cuando se les aplican los biofertilizantes son las siguientes: le confieren mayor resistencia ante ataques por plagas o enfermedades, hay un aumento de precocidad en cada una de la etapas de crecimiento y desarrollo de las plantas. Las plantas con estrés post-cosecha se recuperan más rápido, es mayor la longevidad de los cultivos, aumenta la cantidad, tamaño y vigor de la floración así como la uniformidad, mejoran el aroma e incrementan la calidad nutricional de los frutos. Después de la cosecha, los alimentos se conservan por más tiempo y hay mayor número de ciclos productivos en aquellas que son perennes o semiperennes. Las ventajas para el ser humano, es que ya no se depende del uso de químicos, hay mayor rentabilidad pero sobretodo se eliminan riesgos de salud en los trabajadores y consumidores finales ya que están libres de residuos tóxicas en los alimentos. Al usar menos agroquímicos se favorece la fauna benéfica y por consiguiente los polinizadores, con los beneficios que ello conlleva.
El uso de biofertilizantes asegura que los productos que se consuman son de alta calidad. Hoy en día el uso de productos orgánicos en los sistemas productivos cada vez es mayor, al igual que la conciencia del daño que ocasionan los agrotóxicos en los ecosistemas y en la salud. Todo lo anterior provoca que las personas quieran comer más saludable para sentirse bien y al mismo tiempo contribuir a que se genere menos contaminación para el planeta.
