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Un huerto biointensivo se mantiene saludable si se llevan a cabo prácticas culturales muy sencillas que incluye la aplicación de productos orgánicos muy fáciles de conseguir o elaborar, la asociación y rotación de cultivos que ayudan a controlar insectos y/o microorganismos patógenos. De igual manera se contempla el uso de insumos orgánicos para mantener las plantas bien nutridas y así evitar que sean susceptibles a los agentes climáticos, insectos nocivos (plagas) y a microorganismos patógenos.
La salud (sanidad) de un huerto biointensivo consiste en mantener los cultivos libres de insectos plaga o de microorganismos patógenos que causen daño irreversible a las plantas y que a causa de estos daños la producción se vea afectada.. Existen varios factores a considerar para mantener un huerto sano, entre ellos podemos mencionar los siguientes: la nutrición adecuada, el uso de insectos benéficos, rotación y asociación de cultivos, prácticas culturales, suelo vivo, entre muchos otros. La nutrición se enfoca en dos aspectos el primero tiene que ver con mantener el suelo vivo y enriquecerlo con enmiendas minerales y/u orgánicas o bien con biofertilizantes, incorporar microorganismos benéficos y con la aplicación de biofertilizantes líquidos al suelo. La otra tiene que ver con la aplicación de microorganismos benéficos y biofertilizantes líquidos (bioles) vía foliar. Se sabe que plantas bien nutridas son menos susceptibles de ser atacadas por alguna plaga o enfermedad. La rotación de cultivos ayuda a que la plaga o el patógenos no se adapte a las condiciones edafoclimáticas obligándolo a buscar otro hospedante, es ahí donde la asociación de cultivos entra en función, ya que hay plantas que atraen o bien que repelen a estos organismos. Una función muy importante de esta asociación es atraer polinizadores o insectos para control biológico, es decir, insectos que se alimentan de insectos plaga o que los ocupan para alimentar a sus crías o depositar sus huevecillos. Las prácticas culturales son igual de importantes para mantener un huerto saludable, las podas, el deshierbe. El retiro de rastrojo que haya presentado algún tipo de enfermedad así como las aportaciones de mulch, ayudan a romper el ciclo del patógeno causante de la enfermedad. Para mantener un huerto sano también se debe considerar dentro del programa de salud, hacer aplicaciones de productos orgánicos como extractos de plantas, aceites esenciales, trampas de colores, de igual manera se pueden utilizar microorganismos benéficos (entomopatógenos) que ayudan a controlar plagas y hongos como Trichoderma o bacterias como Bacillus subtilis para el control de fitopatógenos.
