Las ventajas de uso de los biofertilizantes que tiene un productor son: se disminuye la dependencia de los fertilizantes químicos, son fáciles de elaborar, los insumos pueden ser fáciles de conseguir, no se necesita una receta determinada ya que algunos insumos pueden cambiarse y su costo es mínimo. Al utilizar en su proceso de elaboración microorganismos benéficos para el suelo y las plantas, estos les ayudan a asimilar de mejor manera y más rápido los nutrientes. Se pueden usar solos en suelos fértiles con buenos resultados. Dentro de los microorganismos presentes en los biofertilizantes hay algunos que ayudan a la asimilación de nitrógeno, fósforo, cobre o hierro entre otros.
Las ventajas de utilizar los biofertilizantes en el suelo son las siguientes: mejoran la cantidad de nutrientes disponibles para las plantas, ayudan a desbloquear algunos nutrientes para que puedan estar disponibles, mejoran la estructura y profundidad del suelo, aumentan la capacidad de intercambio catiónico y la asimilación de nutrientes por la planta, mejoran los procesos energéticos de las plantas, estimulan la germinación y crecimiento radicular así estas pueden tener buen crecimiento y penetrar capas más profundas, aumentan el contenido de vitaminas, auxinas y antibióticos,, incrementan la calidad de los residuos de cosecha que se incorporan al suelo y ayudan a mejorar la biodiversidad y la actividad microbiológica en el suelo.
